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國立臺灣大學公共衛生學系成立於1972年，是臺灣首創的公共衛生學系。不過跟一般先有學系後有研究所之發展模式不同的是，在學系成立之前已先有從日據時代之熱帶醫學研究所演變而成立的公共衛生研究所（1951年成立）。

公衛系成立之前二十年，基本上系所是合一的。到了1993年，學系與其他兩所從原隸屬之醫學院獨立出來，以「一院一系多所」的架構，成為全國第一個公共衛生學院。

公衛學院成立初期的一系多所組織，教師員額分別隸屬不同系所。近年來學院為鼓勵全院所有教師參與大學部教學與服務工作，於94學年度起採行「院系合併」，進入公共衛生學系發展之新紀元。即讓學院統籌學系事務，由系主任兼任副院長，負責協調各所參與各項學系教學及行政工作；並藉由二階段導師制度，讓院內教師參與教學及學生事務。同時本系合聘全院教師，由各所推派代表參與系務會議。此模式運作3年之後，為兼顧各領域之平衡，於97學年度起採行「學群」模式，共分三大學群（衛政與醫管學群、環衛與職衛學群、流病生統與預醫學群）。學群之主要功能在於將全院教師依其主要領域之相近性分成3群，以推派代表參與系務及教評之工作。於99學年度起，本學院研究所已整併成4個研究所外，另進行「教師二分之一缺學系主聘」之模式，由學系為主聘單位，每位教師二分之一缺另與本院研究所從聘。藉由組織調整擴大學系的師資，進一步打造新時代的公共衛生基礎養成教育。

公衛系自成立以來，培養眾多公衛基礎人才，畢業生分佈於產、官、學、研各界，為各衛生行政機關、環保單位、公共衛生教育、研究機構、非營利之民間公益機構和產業界醫藥研究發展部門，提供主要的專業幹部、研究人才、教師及主管。本系亦持續進行自我評鑑與改善工作，提升教學品質，以培養本系學生為具有優秀公共衛生理論及實務之能力。